A nova igreja da Encarnação, foi totalmente reconstruída após o terramoto de 1 de Novembro 1755 e concluiu-se em 1783 (um ano antes da conclusão da Basílica dos Mártires).
Tal como na igreja dos Mártires, e de São Nicolau, a Encarnação tem o teto da nave única esplendidamente pintado por Pedro Alexandrino de Carvalho (1730-1810), representando a Anunciação, sendo o da Sacristia da autoria de Simão Caetano Nunes. O autor do traçado da igreja da encarnação foi Manuel Caetano de Sousa (1742-1802).
Conduzimos, coordenámos e gerimos a empreitada global de recuperação, limpeza e beneficiação da Igreja Nossa Senhora da Encarnação, nas áreas abaixo descritas.
Projeto: Identificação de Patologias; Projeto Técnico de Eletricidade; Projeto Luminotécnico; Projeto de Águas e Esgotos; Projeto de Som; Projeto de execução Civil.
Realização da Reabilitação: construção civil, carpintarias, cantarias, restauro de pinturas murais, redes elétrica, iluminação, som, água e esgotos.